حوزه علمیه خواهران در سال 1376 کار خود را آغاز نمود . ساختمان حوزه در ابتـدا در محل فعلی سازمان تبلیـغات اسلامی شهرستان بناب قرار داشت ، سپس در سال 1381 با افتتاح مدرسه جدید برادران ، حوزه ی خواهران به صورت موقتی به مدرسه قبلی برادران انتقال یافته و به مدت 7 سال طلاب در آن مکان مشغول تحصیل بودند و در سال 1386 به طبقه فوقانی مصلی که قبلا حوزه برادران بود منتقل گردید . در بدو تأسیس این حوزه ، 62 نفر ازطلاب خواهر در این حوزه مشغول تحصیل بودند و در سالهای بعدی تعداد طلاب افزایش یافته و اکنون حدود 143 طلبه مشغول تحصیل می باشند . اکنون تعدادطلاب خوابگاهی این حوزه حدود 35 نفر می باشد و در حال حاضر 11 نفر از اساتید خواهر و 4 نفر از اساتید برادرمشغول به تدریس در این حوزه می باشند .

تاسیس اولین مدرسه توسط آیت الله حاج شیخ یوسف باقری بنابی حوالی سال 1333 شمسی مرحوم آیت الله حاج شیخ یوسف باقری بنابی مصمم می گردند که مدرسه ای درکنارمسجدجامع میدان شهر بناب احداث نمایند . استاد معظم آیت الله عبدالمجید باقری بنابی خاطرات شیرینی از آن ماجرا بیان فرموده اند: مرحوم پدرم آجرهایی راکه کمی دور تر از محل بنا قرار داشت ،با چنان شوق و اشتیاقی به طرف محل مورد نظر حمل می کرد که وقتی خاطرات آن ماجرا به ذهنم خطور می کند ناخود آگاه قضایای تاریخ اسلام در مدینه و بنای مسجد رسول الله صلی الله علیه و آله و سلم به یادم می افتد . به تبع پدرم مومنین هم در این امر خیر شرکت می کردند .آجرها هم خشت های خام بزرگی بودند که سنگین تر از آجرهای فعلی بودند ، بالاخره بعد از مدتی مدرسه آماده شد واز آن جا به عنوان حوزه استفاده گردید . طی طلبگی بنده و برادرم حاج شیخ جواد از آنجا آغاز شد . حوزه علمیه حضرت ولی عصر(عج) بناب بعداز پیروزی انقلاب اسلامی،مدرسه ای در مرکز شهر با وسعت 700 متر مربع زمین  و1500 متر مربع زیر بنا در چهارطبقه به همت والای امام جمعه ی پرتلاش شهرستان بناب حجت الاسلام والمسلمین حاج شیخ مصطفی باقری بنابی ساخته شد . زمین مدرسه در اصل عبادتگاه بهائیان بوده که به صورت خرابه ای در آمده بود ، وی در این زمینه می فرمود : زمینی در مرکز شهر بناب واقع شده بود که قبلا عبادتگاه بهائیان بود و به آن حظیره القدس می گفتند . مدتها بود که به صورت مخروبه ای درآمده بود . اول انقلاب یعنی حدود سال 59-60  به لطف خدا آنجا را دادگاه انقلاب به نفع حوزه مصادره کرد با این که خیلی ها مخالفت میکردند و بعضی از گروه ها سنگ اندازی می کردند ولی به لطف خدا درعرض10ماه کل چهارطبقه ساخته شدوبعدازمدت کمی مدرسه به طور رسمی کار خود را آغازنمود . اوائل تعداد طلاب کم بود ولی درسال 1365 حدود100 نفر در مدرسه مشغول به تحصیل بودند . با وفات آیت الله حاج شیخ یوسف باقری بنابی درسال 1365 علمای بناب و ازجمله امام جمعه محترم بناب تصمیم می گیرندکه از آیت الله عبدالمجید باقری  بنابی که درآن زمان درتهران به امرمقدس تربیت طلاب مشغول بودند ،دعوت به عمل آورند تاهم جای خالی آن عالم وارسته را پر نمایند و هم حوزه علمیه بناب را اداره کنند، آیت الله عبدالمجید باقری بنابی در این زمینه می فرمود : وقتی برای مراسم ترحیم پدرم به بناب آمدم ، علمای بناب به من اصرار کردند که دیگر به تهران بر نگردم ، برای من قبول دعوت این بزرگواران کار آسانی نبود ،چون مدرسه ی واقع در تهران (به مدیریت آیت الله عبدالمجید باقری بنابی ) کم کم به یکی از مدارس مطرح تهران تبدیل می شد . با این حال بعد از رفتن به تهران و مشورت با برخی از بزرگان تصمیم گرفتم که به بناب بر گردم . آیت الله عبدالمجید باقری بنابی که کارتربیت طلبه را ازسال 1353 شمسی آغازکرده بودند با کوله باری از تجربه های دوازده ساله به بناب بازگشتند . از آن زمان حوزه ی بناب رونق بسیارچشم گیری پیدا کرد ، به طوری که در عرض چند سال آن مدرسه که گنجایش 100 طلبه را داشت  جوابگوی طلبه ها نشد ، لذا امام جمعه محترم تصمیم گرفت که از طبقه دوم مصلی (مسجد جامع جدید) که به عنوان ایوان مسجد بود برای حوزه استفاده شود .توضیح بیشتر در بند آینده خواهد آمد. در کارنامه فعالیتهای امام جمعه محترم شهرستان بناب از جمله کارهایی که به  چشم می خورد بنای زیبای مسجد جامع جدید است . کلنگ احداث آن توسط مرحوم آیت الله حاج شیخ یوسف باقری بنابی زده شد ودر سال 1365 رسما از آن به عنوان مسجد جامع و مصلای اعظم بهره برداری گردید . این مسجد با شکوه به همت ومساعدت مردم متدین بناب وبا درایت وتلاش  مخلصانه ی امام جمعه محترم ساخته شد . آن چه در این میان جلب توجه می کند این است که نه تنها از آن جا برای نماز جمعه وجماعت و انجام مراسمات مختلف استفاده می شد بلکه برای مدتی (بیش از ده سال)امر مقدس تحصیل طلاب هم در آن جا صورت پذیرفت و بعد از انتقال حوزه ی برادران به محل جدید به عنوان حوزه ی علمیه ی خواهران مورد استفاده قرار گرفت . امام جمعه ی محترم شهرستان بناب در این باره می فرمودند : درسال 1369 گنجایش مدرسه برای طلاب کافی نبود ، در نتیجه نمی توانستیم برای سال تحصیلی جدید پذیرشی داشته باشیم . از طرفی هم از شهرهای مختلف استان و استان های هم جوار جوانان زیادی به بناب برای پذیرش در حوزه ی علمیه می آمدند . آن موقع مصلای بناب کم کم آماده برای بهره برداری می شد . از آن جایی که ایوان آن وقف مسجد ومصلی نبود، 30 حجره در طبقه ی اول مصلی ایجاد کردیم  و حدود 100 طلبه هم در آن جا اسکان یافتند .ولی آنجا نیز بعداز مدتی نتوانست برای طلاب جواب گو باشد . البته مشکلات دیگری هم بود . یکی از مشکلات این که حوزه دو بخش شده بود یکی مدرسه ی قدیمی در خیابان شهید مطهری و دیگری در مصلی و این مساله در آموزش و تنظیم کلاس ها مشکل آفرین شده بود و دیگری این که حجره های مصلی از نورگیر مناسب وفضای باز برخودار نبودند . امام جمعه محترم شهرستان بناب در این مورد می فرمود : بعداز این که از ایوان مصلی (مسجد جامع) به عنوان حجره استفاده کردیم ، همیشه در فکر این بودم که جای خوبی برای حوزه پیدا کنیم ،چون حجره های مصلی نورگیر نداشت و حیاطی هم برای گردش طلبه ها نبود و طلبه ها روز به روز از لحاظ جسمی با مشکل مواجه می شدند . از این که آن ها جای تفریح ،گردش وهوا خوری نداشتند سخت رنج می بردم ، از طرفی هم به خاطر حضور طلاب در ایوان مصلی گاهی برای نماز جمعه جا تنگ می شد  و مجبور بودیم از ایوان مصلی برای نماز خواهران استفاده کنیم ، لذا مشکلمان در این باب دو چندان بود . بالاخره طبق همیشه لطف خدا شامل حال ما شد  و دولت وقت در سال 74 ، 10هکتار از اراضی ملی جنوب شهرستان بناب را در اختیار ما گذاشت تا توانستیم مدرسه جدید را در آن احداث کنیم . زمین مدرسه جدید اگرعنایت خداوند متعال وامام زمان (عج) نبود هرگز مدرسه ای با این عظمت در گوشه ای از ایران اسلامی ساخته نمی شد . بنایی بزرگ با معماری اسلامی که در کارنامه درخشان حجت الاسلام والمسلمین حاج شیخ مصطفی باقری بنابی چون دری بزرگ می درخشد . همه اینها از یک طرف ، جمع معنوی قریب به 500 طلبه  واشتغال ایشان به امر تحصیل علم و تهذیب نفس از طرفی دیگر ،هر بیننده را به تحسین وامیدارد . بسی مناسب است که مراحل ساخت وساز مدرسه را از زبان بانی آن بشنویم ، ایشان (امام جمعه) دراین باره می فرمود : آن زمین برای حوزه خیلی مناسب بود ، ولی یک ریال هم برای ساختن آن در بساط نداشتیم ، خداوند متعال لطف کردند قلب یک عده  از مومنین ومسئولین را متوجه این مسئله ساختند تا این که بحمدالله ساخته شد . بعداز تملک زمین اولین کار حصار کشی دور زمین بود . آن زمان فقط برای ساختن دیوار ها 9 میلیون تومان هزینه کردیم . واقعیت هم این بود  که مشکل مالی داشتیم تا اینکه یک وام شخصی از بانک بر داشتم و آن را صرف این امورکردم . نقشه مدرسه نکته جالب توجه این که از آن جایی که ایشان (امام جمعه) در مورد مسائل ساختمان و بنا تجارب زیادی دارند ، طرح و نقشه ی معماری مدرسه را با سلیقه و ذوق شخصی خودشان طراحی نمودند و با کمک مهندسان به اجرا گذاشتند . دراین مورد می فرمودند : برای یافتن نقشه ی مناسب مسافرتهایی انجام دادم ، به مدارس قم و مشهد سر زدم و از هر یک مزایای آنها را اخذ کردم . از ایام تحصیل که در نجف الاشرف بودم بناهایی در خاطرم بود ، از جمله دار الحکمه آیت الله حکیم ، مدرسه آخوند خراسانی و جامعه النجف و یک بنای تجاری در احمد آباد مشهد به نام زیست خاور دیده بودم ، لذا نقشه را خودم کشیدم که همان  سیاهه ی اولی است و پاک نویس ندارد ، ولی برای نمای مدرسه از مشهد مهندس آوردیم تا نما را طراحی کند . زحمت کارنما را شرکت مهندسی حدیث ،مهندس شهابی کشیدند که بابت آن هم از ما پولی نگرفتند . طبق برآورد بانی محترم ،مدرسه گنجایش 700 طلبه را داراست . آن چه در این میان جای سوال است این است که آیا مدرسه پشتوانه ای دارد ؟ این همه امکانات وتاسیسات چگونه ایجاد شده است ؟ دراین زمینه واقف محترم چنین می فرمود: تا به حال نشده که پول داشته باشم وکاری انجام دهم بلکه همیشه این طور بوده که اول با دست خالی اقدام به کاری کرده ام بعد به دنبال جمع کردن پول رفته ام . از بدو ساخت مدرسه تا به امروز روزی نشده که بدهکار نباشم ، خیلی هم فشار می آمد ، ولی هرگز کار را تعطیل نمی کردم ، چرا که پول چیزی است که امروز هم به دست نباشد فردا انشاء الله به دست خواهد آمد ، اما اگر فرصت امروز از دست برود دیگر برگشتنی نیست . اگر کار را در زمان مناسبش انجام ندهید ، دیگر معلوم نیست که توفیق یاریتان کند وبتوانید آن را تمام کنید . ما یقین داریم که این کار ، کار امام زمان (عج) است ،حضرت  حتما کمک خواهند نمود . واقعیت این است که خدا ما را بد آموز کرده ،چرا که هر وقت به بدهکاری افتاده ایم خدا هم رسانده ،چون دیده ایم قضیه این چنین است ما  هم زیاده  طلب شده ایم  وکارهایمان را وسعت داده وخود را به قرض و قسط زیادی انداخته ایم. امکانات وتجهیزات مدرسه امکانات و ویژگی های این مدرسه به شرح ذیل می باشد: 1-  مجموع زمین مدرسه :25 هکتار 2- 18000متر مربع بنا در سه طبقه 3- 196حجره برای اسکان 4- 20مدرس در مساحت 2100متر مربع 5- مسجدی به مساحت 850 متر مربع 6- کتابخانه ای به مساحت 850متر مربع 7- 300 متر زیر بنا برای مجتمع اداری 8– 30 واحد  مسکونی برای اساتید وکارکنان به مساحت 6000 متر مربع 9– 16 واحد مسکونی برای اساتید (استادسرا) 10-  مجهز به تاسیسات حرارتی مرکزی 11- فضای سبز وزیبایی به مساحت 4000 مترمربع 12- آشپزخانه مدرسه به مساحت 300متر مربع 13- سردخانه زیر صفر 14- فروشگاه