حوزه علمیه خواهران در سال ۱۳۷۶ کار خود را آغاز نمود .

ساختمان حوزه در ابتـدا در محل فعلی سازمان تبلیـغات اسلامی شهرستان بناب قرار داشت ، سپس در سال ۱۳۸۱ با افتتاح مدرسه جدید برادران ، حوزه ی خواهران به صورت موقتی به مدرسه قبلی برادران انتقال یافته و به مدت ۷ سال طلاب در آن مکان مشغول تحصیل بودند و در سال ۱۳۸۶ به طبقه فوقانی مصلی که قبلا حوزه برادران بود منتقل گردید .

در بدو تأسیس این حوزه ، ۶۲ نفر ازطلاب خواهر در این حوزه مشغول تحصیل بودند و در سالهای بعدی تعداد طلاب افزایش یافته و اکنون حدود ۱۴۳ طلبه مشغول تحصیل می باشند .

اکنون تعدادطلاب خوابگاهی این حوزه حدود ۳۵ نفر می باشد و در حال حاضر ۱۱ نفر از اساتید خواهر و ۴ نفر از اساتید برادرمشغول به تدریس در این حوزه می باشند .